《藥師咒》，除滅我們一切的煩惱
藥師琉璃光佛，當初修菩薩道的時候，發十二個大願心。這願心裡頭，多半是救眾生病苦的事情，所以成佛的名號就稱做藥師。
十二大願裡頭的第二願說，將來成了佛，身體要像琉璃一樣的光明，所以稱做琉璃光。是現在東方淨琉璃世界的佛，國土清淨，同西方極樂世界相像的。大家現在念的消災延壽藥師佛，就是藥師琉璃光如來。
灌頂兩個字，本來是輪王把王位傳給太子的時候，先要把金瓶裝了香水，灌在太子的頭頂上，叫做灌頂受職，才可以做國王。菩薩修到了十地，功行滿足，十方諸佛，各各放眉間的白毫相光，這光叫做益一切智，都放到這十地菩薩的頭頂心裡頭去，叫做菩薩受佛職，那就可以叫做灌頂法王了。
現在，因為這咒是從藥師佛頂光裡頭說的，所以用這灌頂兩個字，意思也是增加念咒的人一切智慧的。若是能夠誠心念這咒，佛光自然也會灌到這個人的頂門裡頭來的。
真言，就是咒，意思是用真實智慧，說的真實話，所以叫做真言。經裡頭說，藥師如來入了三昧，這個三昧的名字，叫做除滅一切眾生苦惱。藥師如來入定後，從肉髻裡頭，放出大光明來，光裡頭就說這一篇咒。咒說完了，佛再放光，所有一切眾生種種的苦處，就一時都消滅完了。
根據《藥師經》的描述，可以知道這篇咒是藥師佛為瞭解除眾生身心的病苦，入於「除滅一切眾生苦惱」三摩地而說的咒語，因此本經特別強調了持咒治病的利益。經中說如果有親友生病，可以對著食物、藥品或淨水，至心誦持一百零八遍，再讓病人服食，以消除病苦、安樂身心。念咒除病，最好是由病人自己念誦，如果是病情沈重無法自己修持，也可以由親友代為持念。
太虛大師在《藥師本願經講記》中也說，藥師佛由大願起大悲、入大定、放大智光而說此咒，因此咒語本身便含攝了藥師如來的悲與智，只要攝心誦持，自然能與藥師如來的慈悲願力感應道交。
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